Die Manga- und Fernsehserie sind in einzelne Handlungsabschnitte unterteilt, in denen die Strohhutbande immer wieder einen scheinbar übermächtigen Hauptgegner hat, der nach klassischer Shōnen-Manier in einem Endkampf von Ruffy besiegt wird, während sich seine Kameraden mit anderen auftauchenden Nebengegnern befassen. Das Besondere an der Handlung ist dabei: Bislang ist keiner der für die Handlung wichtigen Charaktere infolge eines Kampfs gestorben - selbst nach einer sehr großen Bombenexplosion überstehen die einzelnen Charaktere diese, wenn auch häufig schwer verletzt.
Der Manga erhält durch die Coverstories eine zweite Handlung, welche die Geschehnisse abseits der Haupthandlung mit bereits erledigten Gegnern oder zurückgelassenen Freunden und Mitstreitern fortsetzt und zum Teil auch neue Charaktere einführt. Dabei ist nicht auszuschließen, dass die dort gezeigte Handlung auch wieder Bestandteil des Haupterzählstrangs wird. Ein Beispiel hierfür ist die Geschichte, die von Fans im Allgemeinen als „Buggy-Coverstory“ benannt wird: Nachdem Buggy von Ruffy besiegt wurde, erlebt der Kapitän eine kleine Odyssee abseits des Hauptgeschehens und kehrt später zurück, um sich an Ruffy zu rächen.
Die Hintergrundgeschichten der einzelnen wichtigen Charaktere werden immer wieder in Rückblenden aufgerollt.
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